Zegama aparece citada como colación o universidad en un documento fechado el 12 de junio de 1384, por el que se anexionaba a Segura junto con las vecinas Zerain, Idiazabal, Ormaiztegi y Mutiloa. Esta incorporación fue confirmada por el rey Juan I de Castilla en 1387 y por Enrique III en 1393. Dicha unión se produjo en plena pugna entre navarros y guipuzcoanos (unidos estos a la corona de Castilla desde 1200 y por ello enfrentados al vecino reino), que por la situación estratégica de Zegama le afectaba especialmente. Asimismo, la guerra de los parientes mayores hizo necesaria la unión de los pequeños núcleos para su autodefensa.
En 1401 se forma la Parzonería de Alzania compuesta por las poblaciones de Zegama, Zerain, Idiazabal y Segura, para el común aprovechamiento, explotación y conservación de las zonas de montaña, vitales para alimentar los ganados y obtener leña para hacer el carbón que movía sus ferrerías.
Zegama adoptó como escudo propio el de los señores del palacio de Jaureguía, los Ladrón de Guevara, que ostentaron el patronato de su iglesia hasta el año 1495.