Zegamak, kauntauri ekialdeko klima du. Bere batazbesteko tenperatura 12° C ingurukoa da, neguan Aizkorri mendikatean elurteak ematen direnean, tenperaturak beheraka nabarmen egiten duelarik. Euri egunak, gutxi gora behera urtearen erdira iristen dira eta udazkeneko haizea ere aipagarria da.